Секвенирование SSR-маркеров подтверждает результаты фрагментного анализа и выявляет скрытый полиморфизм в образцах проса

Ранее специалисты Лаборатории МСиБ КБНЦ РАН неоднократно показывали, что секвенирование SSR-маркеров выявляет значительно больше различий, чем фрагментный анализ. В подтверждение и дополнение к результатам фрагментного анализа маркерные фрагменты тринадцати образцов проса были секвенированы с использованием одного из SSR-праймеров. Секвенирование проведено для более детального изучения аллельных вариантов микросателлитных локусов и выявления возможных различий в структуре повторов, которые могли остаться незамеченными при фрагментном анализе на агарозном геле.

Анализ полученных нуклеотидных последовательностей с использованием маркеров SSR339, SSR28 и SSR332, не выявивших полиморфизма в анализируемой выборке, также не показал различий. Так, для маркера SSR339 у всех 13 образцов был выявлен аллель (GTC)3, а для маркера SSR28 — (GGAAG)3. В случае маркера SSR332 количество повторов было одинаковым — (GGC)3, однако у образца к-10475 (Таджикистан) один из повторов оказался вырожденным.